| 类别 | 部门 | 代码 |
| 党群类 | 党委办公室 | DQ11 |
| 纪委 | DQ12 | |
| 组织部 | DQ13 | |
| 宣传部（教师工作部） | DQ14 | |
| 统战部 | DQ15 | |
| 工会、妇联 | DQ16 | |
| 团委 | DQ17 | |
| 行政类 | 学校办公室（校友办） | XZ11 |
| 人事处（离退休工作处） | XZ12 | |
| 审计处 | XZ13 | |
| 保卫处 | XZ14 | |
| 后勤发展处 | XZ15 | |
| 图书馆（期刊社） | XZ16 | |
| 医院管理处（司法鉴定中心） | XZ17 | |
| 档案馆 | XZ19 | |
| 发展规划处（校地合作处） | XZ20 | |
| 信息技术中心 | XZ21 | |
| 创新创业教育学院 | XZ22 | |
| 滨海校区管委会 | XZ23 | |
| 科研实验中心 | XZ24 | |
| 国家重点实验室联合中心 | XZ25 | |
| 卓越中心 | XZ26 | |
| 药学科技创新平台联合中心 | XZ27 | |
| 眼视光科技创新平台联合中心 | XZ28 | |
| 科研类 | 科学技术处 | KY |
| 社会科学处 | KY | |
| 基建类 | 基建处 | JJ |
| 设备类 | 国有资产与设备管理处 | SB |
| 财会类 | 计划财务处 | CK |
| 声像类 | 有关部门 | SX |
| 教学类 | 仁济学院（独立学院） | JX |
| 继续教育学院 | JX | |
| 国际教育学院 | JX | |
| 眼视光学院（生物医学工程学院） | JX | |
| 公共卫生学院 | JX | |
| 生命科学学院、检验医学院 | JX | |
| 药学院 | JX | |
| 护理学院 | JX | |
| 口腔医学院 | JX | |
| 体育科学部 | JX | |
| 马克思主义学院（哲学社会科学部） | JX | |
| 基础医学院 | JX | |
| 第一临床医学院（信息与工程学院） | JX | |
| 第二临床医学院 | JX | |
| 外国语学院 | JX | |
| 精神医学学院 | JX | |
| 阿尔伯塔学院 | JX | |
| 康复医学院 | JX | |
| 中医药学院 | JX | |
| 医学人文与管理学院 | JX | |
| 研究生院 | JX | |
| 教务处 | JX | |
| 学生处 | JX | |
| 实验动物中心 | JX | |
| 教师发展中心 | JX | |
| 出版类 | 图书馆（期刊社） | CB |
| 宣传部（教师工作部） | CB | |
| 外事类 | 国际合作交流处（港澳台办） | WS |
| 实物类 | 有关部门 | SW |
